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影響膜生物反應器的因素包括生物反應器和膜組件。對于生物反應器，主要有pH值、溫度、水力停留時間、懸浮停留時間、污泥量和負荷等。對于膜組件，主要有膜孔徑、膜通量、操作壓力、分子量截止值和透水性等操作參數。
生物反應器因素
對于生物反應器，廢水中負荷的變化對處理效果影響不大，說明膜生物反應器對負荷的影響有很強的適應性。
膜生物反應器最突出的優點是可以分別控制污泥齡和水力停留時間。這樣廢水中的大分子難降解成分在有限體積的生物反應器中有足夠的停留時間，從而達到更高的去除效果。泥齡長也為世代周期長的硝化細菌的繁殖提供了條件。
生物反應器
膜生物反應器污泥濃度MLSS高，可達10-20g/L.大量研究表明，膜通量和污泥濃度MLSS的對數呈線性下降。從這個角度來看，過高的MLSS對體制是不利的。但研究表明，高濃度污泥為反硝化提供了內部厭氧環境，總氮去除率高。此外，絲狀菌和真菌在MBR系統中占很大比例。
操作方式
操作壓力和膜流速的增加有利于增加膜通量，但過高的壓力會導致膜破裂。調節曝氣量可以控制膜流量，從而有效減緩膜污染，增加膜通量。但如果膜表面的流速過高，膜表面的污染層會變薄，可能造成不可逆的污染。一般保持在1.5m/s。
實驗表明，間歇出水能有效改善膜過濾性能。泵送時間、曝氣量和停止時間對膜過濾特性的影響由大到小。操作應控制在低壓和高流量。
膜污染的控制和再生等
膜生物反應器中的膜污染可分為無機污染、有機污染和微生物污染。然而，低壓和恒定流量操作將有助于減緩膜污染并長時間保持膜通量在高水平。此外，膜生物反應器與活性炭聯用可以有效控制膜污染。
膜清洗方法可以包括水力清洗、空氣清洗、機械清洗和化學清洗。清洗方式將由污染物的類型以及膜的類型和性能決定。一般來說，化學清洗是最有效的方法。酸性清洗劑可以溶解去除礦物質和DNA；用NaOH水溶液可以有效去除蛋白質污染；次氯酸鈉溶液在線化學清洗可以有效去除膜內表面滋生的微生物，大大降低膜過濾壓差。
影響膜污染的主要因素是膜本身的性質，如結構、材料、親水性、孔隙率和孔徑；活性污泥的性質，如污泥濃度、胞外聚合物、絮體結構、可溶性物質、絮體大小等。膜生物反應器的操作條件，如反應器結構、錯流率、曝氣量、膜壓差等。
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