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反滲透（RO）系統的行為類似于鍋爐或冷卻塔，因為它們會使補充水中的溶解鹽分變得更濃。當純凈水滲透到RO膜中時，鹽會以濃縮流的形式留在后面。如果超過任何特定鹽的溶解度，則存在鹽將直接在膜表面上或可能在通過膜元件的流道內形成水垢的可能性。
這種水垢的形成將首先發生在反滲透系統的尾端，在水以其濃縮液流離開系統之前，水流過的最后元素內。結垢將導致反滲透系統需要增加壓力才能達到相同的滲透流率，并且滲透率在系統尾端可能會增加。恢復性能將需要使用酸性溶液進行清潔，盡管膜清潔僅在某些類型的水垢上有效。對于二氧化硅垢或大多數硫酸鹽，它不可能完全有效。如果清洗無法恢復性能，則更換膜將成為恢復失去的RO性能的唯一選擇。
對于大多數水源而言，防止水垢的形成不一定是難題。通常可以通過將以下三個選項中的一個或多個應用于反滲透進料流來完成：
酸注入
水軟化
注入阻垢劑
可以使用美國水的阻垢劑投影計劃（SIPP）來預測水的具體需求，該計劃考慮了水的特殊組成，水溫和pH值以及相對于所需鹽分的鹽分濃度因子滲透反滲透系統。正確的方法通常取決于應用程序的優先級。
酸注入可有效防止碳酸鈣結垢，但對防止硫酸鹽或二氧化硅結垢僅有一點作用。酸注入在許多應用中的主要缺點是會導致形成二氧化碳，而二氧化碳很容易滲透到RO膜中。然后可能給下游離子交換或脫氣設備帶來去除負擔。
石灰的軟化作用會降低水的硬度，堿度和溶解的二氧化硅，以至于RO裝置可能能夠在低滲透物回收率的情況下運行，并減少水垢的形成。但是，要充分利用反滲透進料壓力提高滲透物回收率并最大程度地減少水的浪費，就需要將水的硬度大大降低。然后，這將需要對RO進料水進行沸石軟化，這需要使用一種強酸陽離子交換樹脂，該樹脂通過氯化鈉進行再生。這種方法的優勢在于，它可以將苛性堿（氫氧化鈉）注入反滲透系統的上游，以提高其進水的pH值，這將導致堿度，溶解的二氧化硅和硼的去除率增加。在升高的pH值下操作也將減少形成氧化硅垢的可能性。
防止結垢的最經濟有效的方法（如果適用）是注入阻垢劑。使用與鍋爐和冷卻塔中使用的防垢劑相似的化學物質，可以充分減緩水垢晶體的形成，以使這些晶體以其精礦流離開RO系統。以這種方式，只要RO系統正在運行，就可以安全地超過碳酸鈣和硫酸鹽的飽和點。當RO單元關閉時，至關重要的是使用滲透水或通過允許低壓給水置換系統中滯留的水來沖洗系統中的過飽和鹽。
反滲透工業早期使用的一些阻垢產品由單一聚合物組成，當注入某些水源（例如含鐵的水）時，該聚合物往往會失去其溶解度。這將導致RO預濾器濾芯以及膜元件嚴重結垢。
諸如博能反滲透專用阻垢劑之類的產品是既包含聚合物又包含膦酸酯的共混產品，可用于反滲透系統。它們協同工作以提高溶解度，同時提供出色的防垢能力。實際上，它們還將幫助使鐵保持懸浮狀態，以減少鐵對反滲透系統的污染。可以使用SIPP程序確定適當的劑量。
通過正確使用所選的防垢方法，大多數反滲透系統將永遠不必經歷水垢形成的過程。
