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應使用高和低pH膜清洗劑進行反滲透膜清潔。應始終先進行高pH值清洗，以滲透和分散生物或有機污垢。特殊的高pH值清潔化學品可更有效地滲透重有機和生物污垢，使其比常用的CIP化學品（如氫氧化鈉）更有效。盡管許多人選擇成本最低的CIP化學藥品，但由于清潔頻率較高，其年度成本最終將顯著提高，這會招致更多的人工成本，化學藥品成本和停機時間。始終最好進行清潔研究，以確保在CIP后能完全恢復膜的性能。
由于檸檬酸的螯合特性，一些公司建議在高pH值清潔之前使用檸檬酸。我們強烈建議您反對這種做法–如果首先進行低pH清洗，有機污垢物就會失去其陰離子電荷，而且由于在CIP過程中幾乎總是會產生一些滲透物，因此污垢物會被壓實到膜中，并且變得更難以滲透。
物理清洗方法：
1.停止裝置
緩慢地降低操作壓力，逐步停止裝置。急速停車造成的壓力急速下降會形成水錘，將會對管道、壓力容器以及膜元件造成沖擊性損傷。
2.調節閥門
首先全開濃縮水閥門；然后關閉進水閥門；接著全開產水閥門（如關閉系統后關閉了產水閥門）。如果錯誤的關閉產水閥門，壓力容器中的后端的膜元件可能因為產水背壓而造成膜元件機械性損傷。
3.清洗作業
首先啟動低壓清洗泵；然后緩慢地打開進水閥，同時觀察濃縮水流量計的流量；調節進水閥門直至流量和壓力調節到設計值；最后在10-15分鐘后慢慢地關閉進水閥門，停止進水泵。
化學清洗方法：
化學清洗是使用特定的化學藥劑與污染物發生反應，使其溶于水中，然后排出膜元件，恢復膜元件的性能。
一般來說化學清洗與物理清洗是可以相互配合的兩種清洗方法。很多人在對ro反滲透膜進行清洗時都是兩種方法一起用的的，在污染不是很嚴重時，采用物理清洗時加入一些化學藥劑可以翻倍地增加清洗的效果。同樣在很嚴重污染時，采用化學清洗時也對以使用一些物理性的強化手段來增強化學清洗的
